A Temes–köz kivételével a Karlócai béke (1699) után Magyarország területi integritása visszaállt. A felszabadító háborúk és vele együtt jelentkező járványok megtizedelték az amúgy is megritkult lakosságot a korábbi megszállt területeken. Az élet lassan, de biztosan kezdett visszatérni. A sűrűbben lakott területekről a visszatérő földbirtokosok komoly telepítésbe kezdtek, hogy falvaikat, birtokaikat újraélesszék. Az elhagyott szőlővidékek is lassan újratelepültek. rácok, horvátok, tótok, németek, románok és persze magyarok is vándoroltak új lakóhelyükre, ahol általában 3-10 év adómentességet kaptak a császártól, illetve földesuraiktól, az első nehéz esztendők átvészelése érdekében. Különösen ügyeltek arra, hogy a jó bevételi lehetőséggel kecsegtető bor mennyisége újra növekedjen, nem véletlen a szőlőterületek adás-vétele, adókedvezmények sora, már 1686 után is, amikor a török fél lábbal még országunkban volt. Az is hozzátartozik a történethez, hogy a többszázezres seregeket mozgató felszabadító háborúk hatalmas mennyiségű bort igényeltek, ami ekkor a betegségek ellen, a fertőzött ivóvíz alternatívájaként egyetlen iható nedű volt szinte mindenki számára.
Ezt a folyamatot rengeteg visszásság, birtokvita, per kísérte, a lakosság nagy részének adóterhei, egyéb szolgáltatásai elviselhetetlenné nőttek, a katonaság erőszakossága, rablásai, a Habsburgok erőteljes magyarellenessége és hatalmi és vallási politikája szinte minden társadalmi csoportnak sérelmeket okozott. A régi földbirtokosoknak igazolniuk kellett ősi birtokaikhoz való jogukat, sőt 10% fegyverváltságot is kellett érte fizetni az udvarnak. Nem véletlen, hogy már a XVII. század végén kirobbant az egyenlőre elszigetelt Hegyaljai felkelés, amelyet 1697-ben az osztrákok gyorsan vérbe fojtottak. Az eseményeknek radikalizálódásának azonban már nem tudtak ellenállni, s 1703-ban kitört a felkelés, aminek élére az egyik legnagyobb földbirtokos II. Rákóczi Ferenc állt.
Birtokainak magja épp a Tokaji borvidék területére esett, hatalmas borkészlete nem csak az ellátást biztosította, hanem a kuruc sereg felszerelését is részben a tokaji borok eladásából finanszírozták. A borkereskedelem ugyanis orosz, lengyel földre ekkor is, a háború idején is virágzott. A Tokaj környéki harcok idején, a felkelés elején állítólag a túlerőben lévő császáriakat a tokaji bor miatt sikerült legyőzni, azáltal, hogy a szőlőhegyen időző osztrákok rengeteg bort és kiforratlan murcit vedeltek, s a sereg fele kidőlt a részegség, másik része pedig a vérhas következtében.
Az 1703-1711. között lezajló Rákóczi szabadságharc nem okozott súlyos károkat a szőlőtermesztésben, bár kétségtelen akadályozta a folyamatos újratelepítést. A labanc és kuruc seregek általában nem a lakosság és szőlők pusztítását, inkább a hordók tartalmának fogyasztását részesítették előnyben. A szőlők meglétére utal az, hogy a győri várat ostromló kuruc seregek fővezére, Vak Bottyán 1707- ben a termés egy részének átadása fejében szüretelési engedélyt adott ki a győri polgárok részére, kiknek szőlői nagy részben a Sokoró területén voltak. A rendben meginduló szüretelést fegyelmezetlen kuruc katonák zavarták meg, akik a győri szőlősgazdákat megrohamozva a termés nagy részét elrabolták, sokakat elfogtak, bántalmaztak. A felháborodott Vak Bottyán, mivel panaszát nem vették figyelembe, rövidesen lemondott a dunántúli seregek parancsnoki tisztéről.
A szőlő és bor jelentőségét mutatja, hogy a felkelés csúcspontján (1707), amikor az ország területének jelentős része Rákóczi pártján állt, az állami adminisztráció minősítette a magyar bortermő vidékeket, öt osztályba sorolva azokat. Jellemző, hogy az első osztályba csak egy, a Tokaj-Hegyalja került. Mindenesetre a minőséget sokan értékelték, nem véletlen, hogy a felkelés ügyének nemzetközi támogattatására több kísérletet tévő fejedelem tokaji aszút ajándékozott a potenciális szövetséges uralkodóknak, így XIV. Lajos francia királynak, illetve Nagy Péter orosz cárnak. Előbbi állítólag ekkor mondta a „Vinum Regnum, Rex Vinorum” szállóigét, persze franciául…