Az 1591-1606-ig lezajló 30 éves háború pusztításai nem múltak el nyomtalanul az ország háború sújtotta térségeiben, különösen a Magyar Királyság és Erdély peremterületein. A közvetlen pusztítás is óriási volt, várak, egész megyényi területek cseréltek gazdát, néha többször is, ez nem kedvezett a nyugalmat, kiszámíthatóságot igénylő borászatnak sem. Az elhanyagolt, feldúlt szőlőhegyek siralmas látványt nyújthattak.
A szőlő és bor termelés, azonban a háborúk által nem érintett nyugati, északi területeken, valamint Erdély középső régióiban továbbra is komoly szerepet kapott, sőt elmondható, hogy a fogyasztás mértékének megmaradása, sőt növekedésének köszönhetően még fejlődésről is beszélhetünk, főleg azért, mert a korábban minőségben legjobbnak számító közép és dél-magyarországi borvidékek a török megszállás következtében hosszú időre kiestek a normális piaci kapcsolatokból, esélyt adva ezzel a korábban periférikus vidékeknek.
Az Erdélyi fejedelemség virágkora épp a XVII. század első harmadára, közepére tehető, elsősorban a Nagyenyed, Küküllő és Maros-menti területek adták a legismertebb borokat, amelyből annyi termett, hogy még külföldre is jutott belőlük. Hasonlóan jó minőséget jelentettek a beregi, gömöri, kishonti, abaúj-tornai, nyitrai, pozsonyi, ruszti...stb borok. Mind közül kiemelkedett a felemelkedő Tokaji borvidék, ahol épp ebben az időben kezdték a világhírű aszú készítését, amely a XVII. század közepére vált igazán ismertté.
A háborús időkben, különösen, ha a harcokat rendszeresen kísérő járványok is pusztítani kezdtek, különösen nagy szolgálatott tett a bor, amely ezidőtályt szinte az egyetlen fertőzésmentes ital volt. Több helyen gyógyszerként is használták vagy önmagában vagy gyógynövényeket főzve meg benne. A fűszerekkel ízesített ürmösök ekkor terjedtek el főként Erdélyben és a nyugati országrészben. Nem véletlen, nem csupán a felnőttek, hanem a gyerekek is kortyolgatták.
A végvári vitézek naponta komoly mennyiséget fogyasztottak belőle, amely a harcok közti szünetben szinte az egyetlen szórakozássá vált, a féktelen mulatozások legfőbb kísérőjeként. Amúgy a férfiak, s különösen a nemesség esetében több forrás utal arra, hogy a magyarok borfogyasztása soha nem látott magassáágokba emelkedett. A boros mámor szinte mindenap jellemző volt az urak egy részére, sokan napjában többször is berúgtak, s ezt egyáltalán nem rejtették véka alá. Pázmány Péter a XVII. század derekán több levelében ostorozza a mihaszna, iszákos urakat, akiket egyszerűen csak közönséges pincetoknak nevezett.
Azt azonban ne gondoljuk, hogy a törökök nem fogyasztották a szőlő nemes levét. A török hódítók nagy része ugyanis részben nem volt mohamedán, számtalan délszláv, egyéb balkáni népelem harcolt a török seregben, vagy sokan még csak első-második generációs mohamedánok révén nem igazán tartották be a korán tilalmait. Néhány török utazó magyarországi leírásaiból tudjuk, hogy az ország középső, megszállt részén élő keresztények körében sem hagyott alább a borfogyasztás, a budai kocsmák ugyanolyan intenzitással működtek mint korábban. A török helyi urak, a bégek, s a helyi földesurak, a szpáhik, komoly adóbevételeket remélhettek a szőlőből és a borból, így nem véletlen, hogy valójában érdekükben állt a szőlőhegyek megtartása. 1650 körül a szentmártoni bencések (ma Pannonhalma) a székesfehérvári beglerbéghez fordult új pincéjének építéséhez, amihez engedélyt is kapott, természetesen megfelelő mennyiségű ellenszolgáltatásért cserébe, amelynek egy jelentős része éppen a bor volt.
1660 után azonban megint beköszöntött a háborús időszak, amely kisebb szüneteket leszámítva egészen kitartott a század végéig, a visszafoglaló háborúk lezárásáig. Ez a 3-4 évtized nagyon komoly csapást mért a még el nem pusztított területekre, falvakra, s rövid úton véget vetett az erdélyi és eddig részben érintetlen felvidéki virágkornak is. A szőlők elpusztulása, a falvak elnéptelenedése különösen az 1683-1699 közötti felszabadító háborúk idején volt súlyos, amely mai napig látható módon átrendezte a magyar településföldrajzi képet, elindította sszőlőhegyek önállósodási folyamatát és a külterületri, pusztasági gazdálkodást is előrevetítette. Álljon itt egy bizonyíték a pusztítás mértékére: Győr városa környékén annyira megritkultak a települések, hogy a várostól délre található, egyébként bortermő területet utána egyszerűen csak Pusztai járásnak kezdték nevezni.